HS病因における（ニキビ同様に）毛包漏斗部（毛穴の出口付近）の閉塞は確実です。病気の期間に関係なく、毛包漏斗部の閉塞は、化膿性汗腺炎の初期においてよく見られます。
Von Laffertらは、化膿性汗腺炎の標本の大半毛包の出口周辺のの過剰角化と過形成が見られ、その結果毛包が閉塞していると記載している。
毛包周囲炎と破裂した毛包も頻繁に観察されました。毛包の閉塞は、毛包の拡張につながると、いずれ毛包が破裂し、細菌や角質を含む内容物が皮内、皮下にばら撒かれます。
この過程では、好中球、リンパ球の遊走を含む積極的な炎症反応を誘発します。

ここで化膿性汗腺炎においてどうして毛包閉塞が発生するのか？ということについては種々なメカニズムが提唱されています。
毛包漏斗部（毛孔出口あたり）には多様な細菌そうが生息しているため、毛包・皮膚免疫システムの欠如は、微生物の増殖につながり、その結果、免疫反応が誘導され毛孔の閉塞に繋がるというのが一つの説です。

一方で別の説では、化膿性汗腺炎の方では毛孔の微生物が増えすぎるのではなく、無害な微生物に炎症反応をもたらす、すなわち過剰に免疫が誘導された結果、毛穴が閉塞してしまうという説です。
2018年現在、過剰な免疫反応を抑制する生物学的製剤の化膿性汗腺炎に対する有効性が確認されており、その結果、後者の説の方が正しいのではないかという風に考えられています。