Linqのほうがわかりやすいし、ソースがランダムアクセスできるとも限らんだろ

シーケンスを束ねてインデックス振って比較して違うやつだけ取り出してインデックスを取り出す
Linqなら思ったことをそのまま書けばいい

IEnumerable<int> Hoge<T>(IEnumerable<T> a, IEnumerable<T> b) {
var comp = Comparer<T>.Default;
return a.Zip(b, (x, y) => (x, y)) // シーケンスを束ねて
.Select((e, i) => (i, e.x, e.y)) // インデックス振って
.Where(e => comp.Compare(e.x, e.y) != 0) // 比較して違うやつだけ取り出して
.Select(e => e.i); // インデックスを取り出す
}

ループじゃぱっとみ何やってるかわかんねえよ