仕様が改善されたのかもしれないが
先日epubファイル
で数冊をアップロードしてみたらうまくいった。
ただ、一発ではうまく行かない時もあった。
根気づよくアップロードを５〜６回試してみて、
それでもうまくいかなかったらepubの仕様を変えてみる
…ってぐらいの姿勢でやるのがいいっぽい。