信長と石山本願寺の海戦の大安宅船が、確かに鉄甲船だったかはわからない。
多聞院日記で、鉄船だという噂を聞いた、というのが根拠だからな・・・
が、秀吉の時代には書状・宣教師による船への鉄板による装甲の記述が残っており、可能性はあると思う。
後装カートリッジ式の仏郎機砲３門と、銃身長が２ｍ近い大鉄砲を多数装備していた。
朝鮮の役では、日本側の大鉄砲が朝鮮軍の船体を貫通して、中の人員を殺傷し悩ませている。

朝鮮の役のときは鉄板を全国から徴収しているが、筑紫の大船を装甲するためだ、とある。
江戸初期には、イギリス人が鉄板を張り巡らした幕府の軍船を見たという記録もある。

http://www.rekishi.info/forum/forum100/20050911173204.html
というか、鉄甲船関連はここに詳しいです。「筑紫の大船」でページ内検索してみてください。